Karaçay halkının kökeni, tarih boyunca Kafkasya'da hakimiyet kuran Kimmer, Saka (İskit), Hun, Bulgar, Alan, Hazar ve Kıpçak gibi Türk kavimlerinin etnik bütünleşmesiyle oluşmuştur. Ayrıca, Karaçay-Malkar halkının oluşumunda yerli Kafkas kabilelerinin de payı olduğu düşünülmektedir. Karaçay adının kökeni hakkında farklı görüşler bulunmaktadır: Etimolojik köken: "Kara" (kara, siyah) ve "çay" (su, ırmak) kelimelerinin birleşiminden oluştuğu ve "kara ırmak" anlamına geldiği öne sürülmüştür. Efsane: Karaçaylıların efsanevi lideri "Karça"nın adından geldiği ve zamanla "Karaçay" şekline dönüştüğü düşünülmektedir.