Enzimin aktif bölgesi çeşitli faktörlerden etkilenir: 1. Sıcaklık: Yüksek sıcaklıklar, aktif bölgedeki kimyasal bağların daha az uygun hale gelmesine neden olabilir ve enzimin denatürasyonuna yol açabilir. 2. pH: Aktif bölgedeki amino asitlerin asidik veya bazik özellikleri, pH değişiminden etkilenir ve bu da substratların bağlanmasını zorlaştırabilir. 3. Substrat Miktarı: Enzim ve substrat miktarı, tepkimenin hızını belirler; yeterli enzim ve substrat olduğunda tepkimenin hızı artar. 4. İndüklenmiş Uyum: Enzim, substrat ile birleştiğinde şeklini değiştirerek aralarındaki uyumun daha iyi olmasını sağlar. Ayrıca, kofaktör ve koenzim gibi yardımcı moleküller de enzimin aktif bölgesinin işlevini etkiler.