X ve Y kromozomları şu şekilde ayırt edilebilir: Boyut: X kromozomu, Y kromozomundan daha büyüktür. Gen sayısı: X kromozomu üzerinde 155 milyon nükleotit ve 800-900 arası protein kodlayan gen bulunurken, Y kromozomu üzerinde 59 milyon nükleotit ve 50-60 gen bulunur. İşlev: X kromozomu, dişiliği belirleyici genler içerirken; Y kromozomu, erkekliği belirleyici genetik materyal ve erkeklik özelliklerinin gelişiminden sorumlu genler içerir. Homolog bölgeler: X ve Y kromozomları, uçlarında bulunan iki kısa homolog bölge sayesinde mayoz bölünme sırasında eşleşir, ancak aralarında parça değiş tokuşu olmaz. Ayrıca, bireylerin cinsiyeti, sperm hücresindeki kromozomların yumurta hücresine katılmasıyla belirlenir.