Saprofitler, hem oksijenli (aerobik) hem de oksijensiz (anaerobik) solunum yapabilir. Oksijenli solunum: Organik maddeler (genellikle karbonhidratlar) oksijen ile birlikte parçalanır. Bu süreçte glikoliz, Krebs döngüsü ve elektron taşıma zinciri aşamaları bulunur. Oksijen, son elektron alıcısıdır. Oksijensiz solunum (anaerobik): Organik maddeler daha az verimli bir şekilde parçalanır. Glikoliz sonrası fermentasyon gerçekleşir; pirüvat, laktik asit veya alkol gibi maddelere dönüşür. ATP üretimi sınırlıdır. Saprofitlerin solunum türü, türlerine ve çevresel koşullara bağlı olarak değişiklik gösterebilir.