Fundamentalizm ve köktencilik kavramları birbirine yakın anlamlara sahip olsa da tam olarak aynı şey değildir. Fundamentalizm, genellikle dinî esaslı aslî kaidelere geri dönme talebiyle kendini belli eden ve bu kaidelere katı bir biçimde bağlı olan, diğer görüşlere karşı toleranssız ve laiklik karşıtı dinî hareket veya bakış açısıdır. Köktencilik ise bilimde, dinde, siyasette kökten yenilikler yapma eğilimi olarak tanımlanır ve felsefe alanında ele alınan konunun temel nedenlerine, köklerine kadar inen düşünce şeklini ifade eder.