Natamisin, genellikle gıda endüstrisinde ve ilaç sektöründe kullanılır. Gıda sektöründe natamisin kullanılan ürünler: Süt ve süt ürünleri: Peynir, yoğurt, krem peynir, süzme peynir, ekşi krema. Et ürünleri: Salam, sosis, sucuk. İşlenmiş gıdalar: Bazı unlu mamuller, içecekler, şaraplar. İlaç sektöründe ise natamisin, göz enfeksiyonlarında ve mantar enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılır. Ayrıca, natamisin tarımda bitki hastalıklarını kontrol etmek amacıyla ve biyomühendislik uygulamalarında da kullanılabilir.