Gıda mikrobiyolojisi, gıdayı inhibe eden, oluşturan veya kontamine eden mikroorganizmaların incelenmesini esas alan bir bilim dalıdır. Gıda mikrobiyolojisi kapsamında incelenen bazı konular: Gıdaların doğal yapısında bulunan ve bir süre sonra bozulmaya neden olan mikroorganizmalar; Uygun pişirme ve saklama sağlanamayan gıdalardaki hastalık yapıcı patojenler; Peynir, yoğurt, ekmek, bira ve şarap gibi fermente gıdalar üretmek için kullanılan mikroplar; Probiyotik üretmek gibi diğer yararlı rollere sahip mikroplar. Gıda mikrobiyolojisi, gıda ile ilişkili mikrobiyolojik problemlerin anlaşılması ve etkin bir şekilde çözülmesi için temel bilimleri de dahil etme ihtiyacı duymaktadır.