Mezozom, mitokondriye benzer bir yapıdır. Bu benzerlik, şu özelliklerle açıklanabilir: Oksijenli solunum: Mezozom, oksijenli solunum yapan bakterilerde bulunur ve enerji üretimiyle ilişkilidir. İç zar yapısı: Her iki yapı da iç zarın katlanmasıyla oluşur; mezozom, hücre zarının içe doğru katlanmasıyla, mitokondri ise çift katmanlı zar yapısıyla bu benzerliği gösterir. Ancak, mezozom bir organel değil, prokaryot hücrelerde hücre zarının katlanmasıyla oluşan bir yapıdır.