Yazeka
Arama sonuçlarına göre oluşturuldu
Ligand afinitesi, çeşitli hesaplama yöntemleri kullanılarak belirlenebilir:
- Scoring fonksiyonları: Moleküller arası hidrojen bağları, temas yüzeyi, hidrofobik temaslar, elektrostatik etkileşimler gibi terimleri içeren fonksiyonlar kullanılarak değerlendirilebilir 2. Bu fonksiyonlar, docking simülasyonlarından elde edilen sonuçları değerlendirmek ve afinite tahmini yapmak için geliştirilmiştir 2.
- Moleküler dinamik (MD) simülasyonları: Protein-ligand komplekslerinin MD simülasyonları, bağlanma serbest enerjilerini ve dolayısıyla bağlanma afinitelerini hesaplamak için gereklidir 23.
- MM-GBSA hesaplamaları: Multiple Random Conformation-MMGBSA (MRC-MMGBSA) yöntemi, MM-GBSA hesaplamaları ve Jarzynski kimliği temelinde ligand bağlanma afinitelerini hesaplamak için kullanılabilir 3.
Ayrıca, radyoaktif işaretli ligandlar kullanılarak bağlanma afinitesi ölçülebilir 1.
Hesaplama yöntemleri, kullanılan yazılım ve donanım kaynaklarına göre değişiklik gösterebilir.
5 kaynaktan alınan bilgiyle göre: