• Buradasın

    Ligand afinitesi nasıl hesaplanır?

    Yazeka

    Arama sonuçlarına göre oluşturuldu

    Ligand afinitesi, çeşitli hesaplama yöntemleri kullanılarak belirlenebilir:
    • Scoring fonksiyonları: Moleküller arası hidrojen bağları, temas yüzeyi, hidrofobik temaslar, elektrostatik etkileşimler gibi terimleri içeren fonksiyonlar kullanılarak değerlendirilebilir 2. Bu fonksiyonlar, docking simülasyonlarından elde edilen sonuçları değerlendirmek ve afinite tahmini yapmak için geliştirilmiştir 2.
    • Moleküler dinamik (MD) simülasyonları: Protein-ligand komplekslerinin MD simülasyonları, bağlanma serbest enerjilerini ve dolayısıyla bağlanma afinitelerini hesaplamak için gereklidir 23.
    • MM-GBSA hesaplamaları: Multiple Random Conformation-MMGBSA (MRC-MMGBSA) yöntemi, MM-GBSA hesaplamaları ve Jarzynski kimliği temelinde ligand bağlanma afinitelerini hesaplamak için kullanılabilir 3.
    Ayrıca, radyoaktif işaretli ligandlar kullanılarak bağlanma afinitesi ölçülebilir 1.
    Hesaplama yöntemleri, kullanılan yazılım ve donanım kaynaklarına göre değişiklik gösterebilir.
    5 kaynaktan alınan bilgiyle göre:

      Yanıtı değerlendir

      5 kaynak

      1. findlight.net
        1
      2. tr.science44.com
        2
      3. tipnotlarim.wordpress.com
        3
      4. chemrxiv.org
        4
      5. en.wikibooks.org
        5

    Konuyla ilgili materyaller

    Afinite kromatografisi ne işe yarar?

    Afinite kromatografisi, karmaşık karışımlardan belirli biyomolekülleri ayırmak ve saflaştırmak için kullanılan bir ayırma tekniğidir. Afinite kromatografisinin kullanım alanlarından bazıları şunlardır: Enzim, hormon, antikor, nükleik asit ve spesifik proteinlerin saflaştırılması. Farklı terapötik etkiler gösterebilen ilaçların bireysel optik izomerlerinin izolasyonu. Araştırma laboratuvarlarında ve endüstrideki laboratuvarlarda serum proteinleri, membran proteinleri, hücre çekirdeğindeki proteinler, reseptörler, hücreler ve rekombinant proteinler gibi çeşitli biyomoleküllerin saflaştırılması. Afinite kromatografisinin, yüksek seçicilik özelliğine sahip olması, hızlı ve kullanımının kolay olması açısından diğer yöntemlere göre bazı ayrıcalıkları vardır.
    5 kaynak

    Ligant ne demek tıpta?

    Tıpta ligant, biyomoleküle bağlanarak bir kompleks oluşturan bir bileşiktir. Ligantlar, genellikle iyonik bağlar, hidrojen bağları veya Van der Waals güçleri ile hedef bir proteindeki bağlanma yerine bağlanır. Ligant türleri arasında şunlar bulunur: substratlar; inhibitörler; aktivatörler; nörotransmitterler. Ayrıca, "ligant proteini" terimi de tıpta sıkça kullanılan bir terim olup, "bağlanma proteini" anlamına gelir.
    5 kaynak

    Afinite testi nedir?

    Afinite testi, moleküller arasındaki çekim kuvvetini ölçmek için yapılan bir testtir. Afinite testinin bazı kullanım alanları: Tıp: Antikor ve antijen arasındaki çekimi değerlendirmek için kullanılır. Sosyal bilimler: Evlat edinme yoluyla kurulan akrabalık veya evlilik ilişkilerini incelemek için kullanılır. Biyoloji: Yapılar arasında veya yapısal olarak benzer organizmalar veya organizma grupları arasındaki ilişkiyi analiz etmek için kullanılır. Fen bilimleri: Küçük moleküller, peptitler, proteinler, oligonükleotidler ve oligomerler ile lipitler, bakteriyofajlar, virüsler ve hücreler arasındaki etkileşimleri incelemek için kullanılır. Afinite testi için kullanılan bazı yöntemler şunlardır: ELISA: Antikor afinitesini incelemek için yaygın olarak kullanılan, hızı, basitliği ve yüksek hassasiyeti ile bilinen bir yöntemdir. Yüzey plazmon rezonansı (SPR): Moleküller arası etkileşimlerin kapsamlı kantitatif analizi ve protein konsantrasyonu tayini için kullanılan bir tekniktir. Biyofilm girişim teknolojisi (BLI): Numunedeki biyofilm kalınlığındaki değişiklikleri doğrudan algılayan etiketsiz, gerçek zamanlı bir izleme optik algılama tekniğidir.
    5 kaynak

    Kd ve afinite nasıl hesaplanır?

    Kd (ayrışma sabiti) ve afinite hesaplamaları şu şekilde yapılabilir: 1. Kd Hesaplaması: - Başlangıç Kd değerini son Kd değerinden çıkarın: FinalKd - InitialKd = DifferenceKd. - Sonucu başlangıç Kd değerine bölün: DifferenceKd / InitialKd = RatioKd. - Yüzde artışı elde etmek için 100 ile çarpın: RatioKd × 100 = Kd Increase (%). 2. Afinite Hesaplaması: - Kd değerini kullanarak: Afinite, genellikle Kd ile ters orantılıdır; daha düşük Kd değerleri daha yüksek afiniteyi gösterir. Örnek: - Başlangıç Kd: 50 nM, Son Kd: 75 nM. - Fark: 75 - 50 = 25 nM. - Başlangıç Kd'ye oran: 25 / 50 = 0.5. - Yüzde artış: 0.5 × 100 = %50. Bu hesaplamalar, ligand-reseptör etkileşimlerinin bağlanma afinitesini ve gücünü anlamak için kullanılır.
    5 kaynak

    Afinite ne demek?

    Afinite kelimesi, farklı alanlarda çeşitli anlamlara sahiptir: Kimya ve biyoloji: Moleküller veya atomlar arasındaki çekim kuvveti, birleşme eğilimi. Tıp: Bir antikor ile antijen arasındaki çekim. Antropoloji: Evlilik veya evlat edinme yoluyla kurulan akrabalık ilişkileri. Tekstil: Kumaşın boya alabilirliği. Genel kullanım: Yakınlık, benzerlik, eğilim, cazibe.
    5 kaynak