Islahat Fermanı'nın olumsuz sonuçları şunlardır: Müslüman halkın tepkisi: Ferman, gayrimüslimlere geniş haklar tanıdığı için Müslüman toplum arasında büyük bir rahatsızlığa yol açtı. Hukukta ikilik: Ferman, şeriat ve geleneksel hukuk kurallarıyla yeni getirilen düzenlemeler arasında ikilik yarattı. Misyonerlik faaliyetlerinin artması: Gayrimüslimler tarafından açılan okullar, Osmanlı topraklarında misyonerlik faaliyetlerinin hızlanmasına neden oldu. Azınlık isyanlarının önlenememesi: Ferman, azınlık isyanlarını sona erdirmede başarısız oldu. Avrupa devletlerinin müdahalesi: Avrupalı devletler, fermana uyulmadığı gerekçesiyle Osmanlı iç işlerine müdahale etmeye devam etti.