Element molekülleri, sadece bir tür atomdan oluşan ve belirli kimyasal özellikler gösteren moleküllerdir. Bazı yaygın element molekülleri: Oksijen molekülü (O2): İki oksijen atomunun birleşmesiyle oluşur ve solunum için hayati öneme sahiptir. Nitrojen molekülü (N2): İki nitrojen atomunun birleşimiyle oluşur ve atmosferdeki gazların %78'ini oluşturur. Hidrojen molekülü (H2): İki hidrojen atomunun bir araya gelmesiyle oluşur ve evrendeki en yaygın elementtir. Klor molekülü (Cl2): İki klor atomunun birleşimiyle meydana gelir ve dezenfektan olarak kullanılır. Karbon molekülü (C): Tek bir karbon atomu, element molekülü olarak kabul edilir ve organik bileşiklerin temel yapı taşıdır.