Molekül geometrisini etkileyen faktörler şunlardır: 1. Atomların elektron dizilimi: Elektronların atomlar üzerindeki yerleşimi, molekülün üç boyutlu yapısını belirler. 2. Bağ teorisi: Değerlik bağı teorisi ve moleküler orbital teorisi gibi teoriler, molekül geometrisini açıklamada kullanılır. 3. Molekülün polaritesi: Molekül içindeki pozitif ve negatif yüklerin dağılımı, geometriyi ve dolayısıyla molekülün etkileşim özelliklerini etkiler. 4. İyonik veya kovalent bağların varlığı: Bağ türü, molekül geometrisini doğrudan etkiler. Ayrıca, VSEPR (Valence Shell Electron Pair Repulsion) teorisi de molekül geometrisini tahmin etmede kullanılır ve elektron çiftlerinin birbirlerini itme eğilimine dayanır.