Göbeklitepe'nin sırrı tam olarak çözülememiş olsa da, bazı teoriler ve bulgular mevcuttur: 1. İnanç Merkezi: Göbeklitepe'nin bir inanç merkezi olduğu ve ayin, ritüel ve ibadet amaçlı kullanıldığı düşünülmektedir. 2. Tarih Öncesi Yapı: 12.000 yıl öncesine dayanan yapısıyla, insanlığın tarımı keşfetmeden önce bile yerleşik hayata geçtiğini ve yapılar inşa ettiğini gösterir. 3. Astronomik Gözlemevi: Taşların belirli bir hizaya göre yerleştirilmesi ve gök cisimlerine işaret etmesi, buranın aynı zamanda bir astronomik gözlemevi olarak da kullanılmış olabileceğini düşündürmektedir. 4. Gömülme Nedeni: Yapının bulunduğu yerdeki düzeltilmiş toprak tabakası, doğal değil insan eliyle gömüldüğünü gösterir.