Glikoliz ve glukoneogenez arasındaki temel fark, glikolizin glukozun yıkım reaksiyonu olması, glukoneogenezin ise glukozun karbonhidrat olmayan kaynaklardan (laktat, gliserol, glukojenik amino asitler gibi) elde edilme süreci olmasıdır. Glikoliz ve glukoneogenez arasındaki bazı spesifik farklar: Geri dönüşümsüz reaksiyonlar: Glikolizde üç geri dönüşümsüz reaksiyon bulunurken, glukoneogenezde bu reaksiyonların tersi farklı enzimler aracılığıyla gerçekleştirilir. Hormon kontrolü: Glukagon, insülin ve epinefrin gibi hormonlar glukoneogenezi etkilerken, glikoliz üzerinde farklı etkiler yaratır. Organ dağılımı: Glukoneogenez, ağırlıklı olarak karaciğer ve böbreklerde gerçekleşirken, glikoliz çoğu canlıda sitoplazmada gerçekleşir.