Enzimin aktif bölgesi, çeşitli faktörlerden etkilenebilir: Sıcaklık: Enzimler belirli bir sıcaklık aralığında en iyi şekilde çalışır. pH: Her enzimin en iyi çalıştığı belirli bir pH aralığı vardır. Substrat ve enzim konsantrasyonu: Substrat derişimi arttıkça reaksiyon hızı artar, ancak enzim doyduğunda maksimum aktivite gözlenir. Kofaktör ve koenzimler: Enzimin etkili olabilmesi için gerekli olan kofaktörler, aktif bölgeye sıkıca bağlı veya zayıf etkileşimli olarak bağlanabilir. Kimyasal maddeler: Aktivatör maddeler enzim aktivitesini artırırken, inhibitör maddeler yavaşlatır. Ayrıca, enzimin aktif bölgesi, indüklenmiş uyum modeline göre esnek olup, amino asit dizilimindeki ufak değişikliklerle substrata uyum sağlayabilir.