Embriyonik kök hücre transkripsiyon faktörleri şunlardır: 1. OCT3/OCT4: Erken embriyo gelişiminde ve pluripotentlik durumunun sürdürülmesinde rol oynar. 2. SOX2: Embriyonik gelişim sürecinde gerekli olan bir transkripsiyon faktörüdür ve Oct4 ile birlikte çalışır. 3. NANOG: Kök hücrelerin kendini yenilemesinde işlevseldir. 4. MYC: Embriyonik kök hücre pluripotentliği için gelişimsel sinyal ağında düzenleyici olarak görev alır. 5. KLF4: Yamanaka faktörleri olarak bilinen genlerden biridir. Diğer önemli transkripsiyon faktörleri arasında DPPA3, UTF1, KIT, DPPA5, REX1 ve FUT4 de bulunur.