İç denetim ve sistem denetimi arasındaki temel farklar şunlardır: Kapsam: İç denetim, idarelerin yönetim ve kontrol yapıları ile mali işlemlerinin risk yönetimi, yönetim ve kontrol süreçlerinin etkinliğini değerlendirir ve geliştirir. Odak: İç denetim, genel olarak kaynakların etkili, ekonomik ve verimli kullanılıp kullanılmadığını değerlendirirken, sistem denetimi denetlenen birimin faaliyetlerinin ve iç kontrol sisteminin analizine odaklanır. Yaklaşım: Sistem denetimi, daha çok denetlenen birimin faaliyetlerinin ve iç kontrol sisteminin eksikliklerinin belirlenmesi ve iyileştirilmesine yönelik bir yaklaşım sergiler. Özetle, iç denetim daha geniş bir kapsama sahip olup, sistem denetimi ise daha çok iç kontrol sisteminin analizine ve iyileştirilmesine odaklanır.