Marmara Denizi'ndeki çukurların oluşmasının başlıca nedenleri şunlardır: 1. Marmaray İnşaatından Çıkan Hafriyat: 2013 yılında Marmaray inşaatından çıkan 1 milyon metreküplük hafriyatın Marmara Denizi'ne dökülmesi, ekosistemi olumsuz etkiledi. 2. Kurbağalıdere Temizliği: 2015 yılında Kurbağalıdere'nin temizlenmesi sırasında çıkan balçığın denize boşaltılması, kirliliği artırdı. 3. Derin Deniz Deşarjı: Arıtılmamış atıkların derin deniz deşarjı yöntemiyle Marmara Denizi'ne verilmesi, denizdeki oksijen seviyesini düşürerek çukurların oluşmasına katkıda bulundu. 4. Kanalizasyon Kirliliği: İnsan dışkısında bulunan azot, karbon, fosfor gibi maddeler, suda ayrışarak mikroorganizmaların çoğalmasına ve müsilaja neden oldu.