Arkelerin genetik materyali, tek bir dairesel kromozom şeklindedir 4. Bu kromozom, proteinlerin etrafına sarılarak paketlenir, ancak bu paketleme biçimi ökaryotlardaki kadar tekdüze değildir 3.

Arkelerin DNA'sı, bakterilerden farklı olarak, eter bağları ile bağlı hidrokarbonlardan oluşan zarlara sahiptir 15. Ayrıca, arkelerin genlerinde intronlar bulunur ve haberci RNA'ları, ökaryotlarda olduğu gibi, transkripsiyon sonrası değişikliklere uğrar 14.

Arkeler, çekirdek ve organeller gibi zarlı yapılardan yoksun oldukları için prokaryot olarak sınıflandırılırlar 15.