Amasya Protokolü'nde alınan kararlar şunlardır: 1. Türk vilayetleri düşmana terk edilmeyecek ve manda ile himaye kabul edilmeyecektir. 2. Azınlıklara siyasi egemenliği ve sosyal dengeyi bozacak ayrıcalıklar tanınmayacaktır. 3. Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti, İstanbul Hükümeti tarafından resmen tanınacaktır. 4. İtilaf Devletleri ile yapılacak barış görüşmelerinde, Temsil Heyeti'nden de bir temsilci bulunacaktır. 5. İvedilikle, Anadolu'da halkın özgür seçimiyle bir meclis toplanacaktır. 6. Anadolu hareketi, İstanbul Hükümeti'ni küçümseyici ve yok sayıcı davranışlardan kaçınacaktır.