Görev uyuşmazlığının zamanaşımına etkisi, davanın görülmesini belirli bir süre durdurmasıdır. Uyuşmazlık Mahkemesi'ne başvurulduğunda, yargı mercii, görev konusunda Uyuşmazlık Mahkemesi'nce bir karar verilinceye kadar davanın görülmesini geri bırakır ve bu süre zarfında zamanaşımı süreleri durur.