Cem Sultan'ın mezarı, Bursa'nın Osmangazi ilçesindeki Muradiye Külliyesi'ndeki Cem Sultan Türbesi'nde bulunmaktadır. Türbe, başta Sultan II. Murad'ınki olmak üzere Muradiye Camii'nin içinde bulunan pek çok türbeden biridir. Ancak, Cem Sultan'ın mezarı, başlangıçta Fatih Sultan Mehmed’in büyük oğlu Şehzade Mustafa için yaptırılan türbeye, Şehzade Mustafa'nın 1474 yılında vefat etmesinin ardından nakledilmiştir. Daha sonra, Napoli’de vefat eden Cem Sultan'ın cenazesi 1499’da Bursa’ya getirilmiş ve aynı türbeye defnedilmiştir.