Malta Köşkü'nde çeşitli dönemlerde farklı kişiler yaşamıştır: Sultan Abdülaziz döneminde köşk, ilk yapıldığında Sedir Köşkü adıyla anılmaktaydı. II. Abdülhamid'in kızı Ayşe Sultan, Cuma selamlıklarından sonra padişahtan alınan izinle buraya piknik yapmaya geldiğini hatıralarında belirtmiştir. Mithat Paşa ve arkadaşları, köşkün arkasındaki düzlükte kurulan çadırda yargılanmışlardır. 1940'lara kadar boş kalan köşk, bu tarihten itibaren Maliye Bakanlığı tarafından kullanılmıştır. 1979'da köşk, Türkiye Turing ve Otomobil Kurumu'na kiralanmış ve restore edilerek halka açılmıştır. 1997 yılından itibaren ise köşk, İstanbul Büyükşehir Belediyesi tarafından işletilmektedir.