Çifte Minareli Medrese'nin iki farklı hikayesi bulunmaktadır: 1. Bilge Seyidoğlu'nun Erzurum Efsaneleri adlı kitabında yer alan ilk hikayeye göre: - Çifte Minareli Medrese, Selçuklu Sultanı Alaeddin Keykubat'ın kızı için yaptırılmaya başlanmış. - Sultan, bir savaş için yola çıkmış ve savaşta şehit düşmüş. - Medrese inşaatında çalışan mimarlar, ustalar ve kalfalar emeklerinin karşılığını alamayınca işlerini bırakarak ayrılmışlar. 2. İkinci hikayeye göre: - Medresenin inşasında görev alan bir usta ile çırağı arasında geçen bir olay anlatılmaktadır. - Çırağın yaptığı minare, ustasının yaptığından daha gösterişli hale gelmiş. - Çok sıcak bir günde çırak, ustasından su istemiş. - Bunu gören çırak da "Çırak iken oldum üstad, ne durursun kendini at!" diyerek peşi sıra kendini aşağı atmış. - Her ikisi de oracıkta can vermiş ve minareler yarım kalmış.