Mağaralarda yaşayan ilk insanlar arasında Homo erectus, Neandertaller ve Homo sapiens bulunur. Homo erectus, yaklaşık 1,8 milyon yıl önce mağaraları mesken tutmuştur. Neandertaller, Avrupa ve Batı Asya'nın sert iklim koşullarına uyum sağlamak için mağaraları etkili bir şekilde kullanmıştır. Homo sapiens, göç yolları üzerinde veya belirli bölgelerde mağaraları geçici veya uzun süreli olarak mesken edinmiştir. Ayrıca, yaklaşık 3,3 ila 2,1 milyon yıl önce yaşamış iki ayaklı insan atası olan Australopithecus africanus da mağaralarda yaşamıştır.