Ninja Apocalypse filmi, suikastle suçlanan Kayıp Ninja Klanı’nın, yer altı nükleer sığınağında, doğaüstü düşmanlar, mutasyonlar ve et yiyen zombilerle dolu bir yolda savaşarak yükselişini anlatıyor. Filmin konusu şu şekilde özetlenebilir: Hayatta kalanların ninja klanları halinde bir araya geldiği kıyamet sonrası bir gelecekte, Kayıp Ninja Klanı temsilcileri, bir barış konferansına katılmak üzere bir yeraltı sığınağına çağrılır. Her bir ninja klanının sihirli bir gücü vardır ve Kayıp Ninja Klanı elektriği kontrol eder. Saygın bir klan lideri olan Fumitaka, farklı ninja klanlarının dış bir güç tarafından tehdit altında olduğuna inanır. Hayatta kalma şanslarını artırmak için bir araya gelmelerini önerir. Bu öneri, toplanan klanlar tarafından iyi karşılanır ancak konuşmasının sonunda suikast düzenlenir. Üç tanık, Kayıp Ninja Klanı’nın lideri Cage’i suikastçı olarak tanımlar. Masumiyetini protesto eden Cage, klanını güvenliğe götürür ve düşman kalabalığın arasından savaşarak geçer. Cage, büyülü güç rezervlerinin çoğunu kullanarak diğer ninjaların çoğunu geçici olarak bayıltır. Kayıp Ninja Klanı sığınağı keşfetmeye ayrılır ve her biri birkaç rakiple savaşır, ancak Mar sonunda bunalır ve öldürülür. Mar’ı gömdükten sonra, Trillion onları bir asansörün bulunduğu yere götürür. Rakip bir ninja klanının başı olan ve ateş tabanlı güçler kullanan Becker’in komutasındaki ninjalarla savaşırlar. Ancak asansör bir tuzaktır ve Kayıp Ninja Klanı’nı zombilerle dolu alt seviyeye götürür. Trillion ısırılır ve klan panik yapar. Surge ve Cage, liderlik için kavga eder ancak Sky araya girerek onları durdurur. Hiroshi’nin tekrar eden mesajı, çalışan ikinci bir asansörün varlığını ortaya çıkarır, ancak konumu vermeden önce kesilir. Klan, zombilerle savaşarak çalışan asansöre ulaşır ve Sky, diğerlerine kaçma şansı vermek için kendini feda eder. Moralleri bozuk bir şekilde yola devam ederler ancak Siren Klanı tarafından durdurulurlar. Başlangıçta dostça davranan Siren Klanı, Kayıp Ninja Klanı’nı baştan çıkarır ve ardından acımasızca saldırır [