Ninja 500 ve 500SE arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Enstrüman Kümesi: Ninja 500, standart bir LCD ekrana sahipken, Ninja 500 SE, daha iyi görünürlük ve modern bir görünüm sunan tam renkli TFT-LCD ekrana sahiptir. 2. Anahtar Sistemi: Ninja 500 SE, anahtar gerektirmeyen başlatma imkanı sunan KIPASS (Kawasaki Akıllı Yakınlık Aktivasyon Başlangıç Sistemi) ile donatılmıştır. 3. USB Portu: Ninja 500 SE, USB Type-C şarj portu ile donatılmıştır, oysa standart modelde bu özellik yoktur. 4. Renk Seçenekleri: Ninja 500 sadece Siyah renkte sunulurken, Ninja 500 SE Lime Green ve Black/Red renklerinde mevcuttur. 5. Fiyat: Ninja 500 SE, ek özellikler nedeniyle Ninja 500'den 2.000 RM daha pahalıdır.