Shinobi (2005) filminin konusu, 1600'lü yıllarda, Tokugawa hanedanının iç savaşları sona erdirip uzun bir barış dönemi başlatmasının ardından, imparatorun karanlık sanatlarda ileri seviyeye ulaşmış shinobi rahiplerinden korkmasıdır. Shinobilerin (ninjaların) en bilinen rolü suikastlar düzenlemek olsa da, daha sık olarak casus, kundakçı ve sabotajcı olarak görev yaparlardı. Ayrıca, shinobi kelimesi, "Red Alert 3" oyununda, rakip binalara sızabilen ve duman hilesi ile kaçabilen bir suikastçı birimini ifade eder.