Ninja silahları, kullanım amaçlarına ve türlerine göre farklı kategorilere ayrılabilir. İşte bazı örnekler: Atma Silahları: Shuriken (fırlatma yıldızları), kunai (fırlatma bıçakları), bo-shuriken (çubuk şeklindeki fırlatma yıldızları). Yakın Dövüş Silahları: Ninjato (kısa kılıç), tantō (küçük hançer). Aletler ve Diğer Silahlar: Kusarigama (hilal şeklindeki orak), fukiya (üfleme tabancaları), makibishi (caltrops). Bombalar: Duman veya zehirli gaz çıkaran kağıt veya hasır kaplı paketler, demir veya seramik kapaklı sert kılıflı bombalar. Ayrıca, ninja silahlarının adaptasyona uygun, kullanımı kolay ve verimli olması gerektiği belirtilmiştir.