Naruto ve Pain'in savaşı, Naruto serisinin önemli bir hikayesel dönüm noktası olan "Pain'in İstilası" arkı sırasında gerçekleşir. Savaşın nedeni, Pain'in (aslında Nagato'nun) Dokuz Kuyruklu Şeytan Tilki'ni (Kurama) barındıran Naruto'yu yakalayıp dünyayı kendi yarattığı Akatsuki örgütüyle barışa zorlamak istemesidir. Bu süreçte, Naruto'nun ustası Jiraiya'nın Pain tarafından öldürülmesi ve Konohagakure köyünün yok edilmesi, Naruto'nun Pain'e karşı kişisel bir nefret beslemesine ve onunla savaşmasına yol açar.