"Naruto Shippuuden: Blood Prison", Raikage'ye suikast girişimi iddiasıyla Kan Hapishanesi'ne kapatılan Naruto'nun hikayesini anlatır. Hapishane müdürü Mui'nin Gök Hapsi tekniği ile güçlerini kaybeden Naruto, aynı zamanda canına kastedilen bir durumla karşı karşıya kalır.