Naruto animesinde en güçlü bölüm olarak kabul edilebilecek tek bir bölüm yoktur, çünkü serinin birçok bölümü etkileyici ve unutulmaz olarak değerlendirilmektedir. Bazı öne çıkan bölümler şunlardır: "Gözyaşlarının Sonu" (Namida no Hoko): Naruto ve Sasuke arasındaki mücadelenin sona erdiği, duygusal ve aksiyon dolu bir bölümdür. "Guy, Madara'ya Karşı" (Ao no kiji, Madara no kōbō): Dördüncü Büyük Ninja Savaşı sırasında, Might Guy'ın Madara Uchiha ile çarpıştığı bölüm, tekniklerin ve gücün sınırlarını zorlayan bir dövüş sahnesi sunar. "İçteki Canavar" (Yajuu sakuretsu! Hajikero futtobe tsukinukero!): Rock Lee'nin beklenmedik bir şekilde alkol tüketip dövüş stilinde ustalaştığı, komik ve etkileyici bir bölümdür.