Karakuş Tümülüsü'nün sırrı, Kommagene Krallığı'na ait bir anıt mezar olarak inşa edilmiş olmasıdır. Tümülüs, Kral II. Mithridates tarafından annesi İsias için yapılmıştır ve daha sonra kraliyet ailesinden başka kadınların da gömüldüğü bir yer haline gelmiştir. Ayrıca, tümülüsün çevresindeki sütunların ve taşların, Roma İmparatorluğu tarafından ilhak edildikten sonra Cendere Köprüsü'nün yapımında kullanılması da bir sır olarak değerlendirilebilir.