One Piece: World Seeker, Hasır Şapkalı Korsanlar'ın "Sky Prison" adlı yerden bir hazine çalmaya çalıştıkları macerayla başlar. Oyunun hikayesi şu şekilde özetlenebilir: Luffy ve ekibi, bir tuzağa düşerler ve "Jail Island" (daha önce "Jewel Island" olarak bilinir) adlı adaya kaçarlar. Luffy, Jeanne adlı bir kadınla tanışır ve kayıp mürettebat arkadaşlarını bulmaya çalışır. Adada, "Pro-Marine" ve "Anti-Marine" grupları arasındaki çatışmanın ortasında kalırlar. Luffy, köylülere yardım ederken aynı zamanda çatışmanın kaynağını araştırmaya başlar. Oyun, 20 saate kadar süren bir ana hikayeye sahiptir ve yan görevler ile karakterlerin mini oyunlarıyla bu süre uzatılabilir.