Bitki hastalıklarında izolasyon, hastalıklı bitkilerden patojen mikroorganizmaların ayrılması için çeşitli yöntemlerle yapılır. İşte bazı izolasyon yöntemleri: Bakteriyel sızıntıdan izolasyon: Hastalıklı bitki kısmı, steril bistüri veya jiletle kesilerek, 2-3 ml steril su veya fosfat tamponlu tuz içeren tüplere konur ve 30-60 dakika bekletilir. Petriye doğrudan izolasyon: Hastalıklı kısımdan küçük bir parça alınır, gerekirse iki dakika yüzey sterilizasyonu yapılır, ardından steril su ile yıkanır ve katı besiyerine aktarılır. Yapraktan izolasyon: Hastalıklı yaprağın dış yüzeyi temizlenir, hastalıklı ve hastalıksız kısmı içeren bir bölge steril jiletle kesilir, su ile yıkanır ve porselen havan içinde ezilerek süspanse hale getirilir. Odunsu kısım ve saptan izolasyon: Sap kısmı yumuşak olan hastalıklı örneklerde, sap kesilerek yüzey sterilizasyonu yapılır ve çıkan öz, doğrudan besiyerlerine uygulanır. İzolasyon sırasında, saprofit bakterilerin hızlı gelişimi nedeniyle karışık kültür oluşmaması için hızlı gelişen bu bakterilerden yavaş gelişen patojen bakterilerin ayrılması hedeflenir. Ayrıca, bitki hastalıklarıyla mücadelede hijyen ve sanitasyon gibi yöntemler de kullanılır.