Hepatit aşısının yan etkileri genellikle aşının uygulanmasından sonraki ilk 48 saat içinde başlar. Bu yan etkiler arasında ağrı, şişlik, kızarıklık, hafif ateş ve halsizlik bulunabilir. Eğer bu yan etkilerin uzaması veya farklı ve beklenmedik bir etki olması durumunda bir doktora başvurulması önerilir.