Fatih Sultan Mehmet, Fatih Külliyesini İstanbul'un fethinden sonra, şehrin İslam-Türk kimliğini tahkim etmek amacıyla bir medeniyetin merkez üssü olarak yeniden inşa etmek için yaptırdı. Külliyenin yaptırılma nedenleri arasında şunlar da yer alır: - Eğitim faaliyetlerinin devamı: Fatih, fetih sonrası eğitim faaliyetlerine önem vererek, Pantokrator Manastırı'nın keşiş odalarını medreseye çevirdi ve kilise bugün Molla Zeyrek Cami olarak bilinen camiye dönüştürüldü. - Şehircilik anlayışı: Külliye, düzenli bir plana göre yapılarak, şehrin orta yerinde Bizans'ın önem verdiği kilisenin yerine inşa edildi ve burada İslamiyet'in hakimiyeti vurgulandı.