Berlin Humboldt Üniversitesi'nde 11 fakülte ve 250 bölüm bulunmaktadır. Üniversitenin bazı bölümleri şunlardır: Beşeri ve Sosyal Bilimler Fakültesi: Arkeoloji, Sanat ve Görsel Tarih, Kültürel Tarih ve Teori, Sosyal Bilimler. Doğa Bilimleri Fakültesi: Biyoloji, Psikoloji, Moleküler Biyoloji. Hukuk Fakültesi. Tıp Fakültesi (Charité - Berlin Tıp Fakültesi ile ortak). Matematik ve Bilgisayar Bilimleri Fakültesi. Diğer bölümler arasında Felsefe, Coğrafya, Eğitim Bilimleri, İşletme, Kimya ve Coğrafya da yer almaktadır.