Lisansüstü eğitim için üç ana enstitü bulunmaktadır: 1. Fen Bilimleri Enstitüsü: Fen, mühendislik, mimarlık gibi alanlarda lisansüstü programlar sunar. 2. Sosyal Bilimler Enstitüsü: Edebiyat, iktisat, işletme gibi sosyal bilim dallarında lisansüstü programlar sunar. 3. Sağlık Bilimleri Enstitüsü: Tıp, diş hekimliği, eczacılık gibi sağlık alanlarında lisansüstü programlar sunar. Ayrıca, üniversitelerin kendi bünyelerinde kurdukları Lisansüstü Eğitim Enstitüsü de bulunmaktadır.