Yamaha MT 09 için en iyi egzoz, kişisel tercihlere ve aranan özelliklere bağlı olarak değişebilir. Ancak, bazı popüler ve önerilen egzoz seçenekleri şunlardır: Akrapovic Racing Line, Titanyum: Hafif (orijinalden 2,4 kg daha hafif) ve +5,36 beygir gücü kazandıran bir modeldir. Akrapovic Racing Line, Karbon: Titanyum versiyonundan son susturucusu ile ayrılır, daha uzun bir manifolda sahiptir ve +6,85 beygir gücü kazandırır. Two Brothers Racing S1R Black Series: Agresif bir ses ve performans artışı sağlar. Yoshimura Alpha T Stainless Steel: Sleek tasarımı ve güçlü performans kazanımları ile bilinir. Egzoz seçimi yaparken ses, performans, ağırlık ve bütçe gibi faktörler göz önünde bulundurulmalıdır.