Enstitü derslerinin kaç bölüm olduğu, enstitünün türüne ve programına bağlı olarak değişir. Örneğin, İstanbul Büyükşehir Belediyesi İSMEK'te mesleki ve teknik eğitimler, kişisel gelişim eğitimleri, güzel sanatlar eğitimleri gibi farklı alanlarda 156 eğitim bölümü bulunmaktadır. Diğer bir örnek olarak, Yıldız Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü'nde bilgisayar mühendisliği, elektrik-elektronik mühendisliği, matematik mühendisliği gibi çeşitli anabilim dallarında yüksek lisans ve doktora programları sunulmaktadır. Genel olarak, enstitülerde sunulan ders bölümleri, enstitünün eğitim planına ve akademik yapısına göre belirlenir.