Azerbaycan'da Türk bayrağının stok olmasının nedeni, 2009 yılında Türkiye ile Ermenistan arasında imzalanan protokollere Azerbaycan'ın tepki göstermesi ve Türk bayrağının gayri resmi olarak yasaklanmasıdır. Azerbaycan Cumhurbaşkanlığı yetkilileri, bu yasağı "Azerbaycan'da yabancı devletlerin ve uluslararası teşkilatların bayraklarının kullanımı hakkındaki kanun" ile gerekçelendirmiştir. Ancak, 2009 yılının Ekim ayında, Bakü Türk Şehitliği'ndeki 12 bayrak, yapılan görüşmeler sonucunda tekrar göndere çekilmiştir.