Balkan Kongresi'nde ele alınan bazı konular şunlardır: Tarih ve kültür. Güvenlik ve istikrar. Ekonomi, enerji ve ulaşım. Dış siyaset ve uluslararası ilişkiler. Toplum, medya ve iletişim. Ayrıca, Uluslararası Balkan Bilimsel Araştırmalar Kongresi'nde antropoloji, arkeoloji, coğrafya, edebiyat, eğitim bilimleri, ekonomi, enerji ekonomisi, felsefe, hukuk, işletme bilimleri, siyaset bilimi, sosyoloji, tarih, uluslararası ilişkiler gibi çeşitli disiplinler de ele alınmaktadır.