Ayasofya'nın altında çeşitli tarihi ve mimari yapılar bulunmaktadır: 1. Tüneller ve Gizli Geçitler: Ayasofya'nın altındaki tüneller, su isalesi, yağmur suyunun tahliyesi ve havalandırma amacıyla yapılmıştır ve 1600 yıllık bir geçmişe sahiptir. 2. Mezar Odaları: Özellikle 4. yüzyıla tarihlendirilen hipoje yapıları, ilk Ayasofya inşa edilmeden önceki döneme ait Roma dönemi mezar geleneklerini yansıtır. 3. Taş Borular ve Mahzenler: Ayasofya'nın altında, yapının iklimlendirilmesine yönelik taş borular ve mahzenler de yer almaktadır. Bu alanların temizlenmesi ve korunması, hem bilimsel araştırmalar hem de turizm açısından büyük önem taşımaktadır.