Modern Atom Modelinin bazı eksiklikleri şunlardır: 1. Atom Çekirdeğinin Yapısı: Model, atom çekirdeğinin protonlar ve nötronlardan oluştuğunu kabul eder, ancak bu parçacıkların kendileri de daha küçük parçacıklardan (kuarklar) oluşur. 2. Elektronların Yörüngeleri: Model, elektronların belirli enerji seviyelerinde bulunduğunu ve bu seviyeler arasında enerji alıp verebileceğini kabul eder, ancak elektronların tam olarak belirli bir yörünge boyunca dairesel bir yol izlediğini varsayar. 3. Kuantum Etkileşimleri: Model, atomlar arası etkileşimlerin kuantum mekaniği çerçevesinde doğru bir şekilde açıklandığını varsayar, ancak bazı karmaşık sistemlerde yetersiz kalabilir. 4. Kuvvet Taşıyıcıları: Model, elektromanyetizma ile ilgili etkileşimlerin iyi açıklandığını kabul eder, ancak kuvvetlerin taşıyıcılarının (fotonlar gibi) detaylı bir açıklaması tam olarak sağlanmamıştır. 5. Karanlık Madde ve Enerji: Model, atomik düzeyde maddenin davranışını açıklamakta etkili olsa da, evrenin yapısal ve enerjisel bileşenlerinin tamamını açıklamada yetersiz kalır.