Bohr ve Rutherford atom modelleri arasındaki bazı farklar şunlardır: Rutherford Atom Modeli: Atomun merkezinde yoğun ve küçük pozitif yüklü bir çekirdek olduğunu öne sürer. Elektronlar, çekirdeğin etrafında dairesel şekilde hareket eder. Atomun büyük bir kısmı boş bir uzaydır. Bohr Atom Modeli: Elektronların, sahip oldukları enerji seviyesine göre çekirdek etrafında birden fazla farklı yörüngede döndüğünü belirtir. Elektronlar, en düşük enerji düzeyinde bulunmak ister ve bu düzeye temel hâl adı verilir. Elektronlar çekirdekten uzak yörüngelere yerleştikçe elektronların enerjisi artar, çekirdeğe yakın yörüngelere yerleştikçe elektronların enerjisi azalır. Bohr atom modeli, Rutherford'un çalışmalarını geliştirerek daha detaylı bir yapı sunarken, Rutherford modeli elektronların dalga benzeri yapılarını ve hareketlerini açıklamada yetersiz kalır.