Thomas Müller, kariyeri boyunca birçok kupa kazanmıştır. Bayern Münih ile birlikte: Bundesliga: 13 kez (2010, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022, 2023, 2025). DFB-Pokal: 6 kez (2010, 2013, 2014, 2016, 2019, 2020). DFL-Supercup: 8 kez (2010, 2012, 2016, 2017, 2018, 2020, 2021, 2022). UEFA Şampiyonlar Ligi: 2 kez (2013, 2020). UEFA Süper Kupası: 2 kez (2013, 2020). FIFA Kulüpler Dünya Kupası: 2 kez (2013, 2020). Almanya Milli Takımı ile: FIFA Dünya Kupası: 1 kez (2014). Ayrıca, 2010 yılında Altın Ayakkabı ödülü (5 gol) kazanmıştır.