İlk yoğurt mayasının nereden geldiği konusunda iki ana teori bulunmaktadır: 1. Göçebe Türk Kavimleri Teorisi: Bu teoriye göre, göçebe Türk kavimleri, sağdıkları sütün fazlasını hayvanların iç organlarından yapılmış tulumlarda sakladıkları için, bu tulumların içindeki bakteriler sütü yoğurda ve peynire dönüştürmüştür. 2. Tesadüfi Mayalanma Teorisi: Yoğurdun, sütün doğal koşullarda fermantasyona uğraması ve bakterilerle buluşması sonucu tesadüfen mayalandığı düşünülmektedir. Ayrıca, ilk yoğurt mayasının karınca yumurtası ve toprak kullanılarak üretildiği de iddia edilmektedir.