Pekmezin yüksek ısıya maruz kalması, sağlığa zararlı kanserojen maddeler üretmesine neden olabilir. Uzmanlar, pekmez ve bal gibi besinlerin 180 derecenin üzerinde pişirilmemesi gerektiğini, çünkü bu sıcaklıklarda akrilamid ve hidroksimetilfurfural (HMF) gibi zararlı maddelerin oluşabileceğini belirtiyorlar. Pekmezin aşırı miktarda tüketilmesi de ishal ve sindirim sisteminde şişkinliğe neden olabilir. Pekmezi tüketirken ve saklarken şu kurallara dikkat edilmelidir: Evde yapılan pekmez, güneş ışığı almayan ve oda ısısında saklanmalıdır. Marketten alınan, raf ömrü uzun olan pekmezin kapağı açıldıktan sonra buzdolabında bulundurulmalıdır. Pekmez yüksek ısıya maruz kalmamalıdır. Eğer donarsa, bain-marie usulü ile 70 santigrat dereceyi geçmeden çözdürülmelidir.