Organik elma sirkesi, doğal elma sirkesi ile aynı değildir, ancak her ikisi de doğal üretim süreçleriyle elde edilir. Doğal elma sirkesi, herhangi bir koruyucu veya katkı maddesi eklenmeden, sadece elma ve doğal fermantasyon sonucu oluşan bileşenlerle üretilir. Organik elma sirkesi ise, üretiminde kullanılan elmaların pestisit ve kimyasal gübre içermeyen, organik tarım sertifikasına sahip olmasıyla öne çıkar. Market raflarında görülen elma sirkeleri genellikle pastörize edilmiş ve hızlı üretim teknikleriyle elde edilir.