Natamisin, özellikle gıda endüstrisinde aşağıdaki ürünlerde kullanılır: Süt ürünleri: Peynir, yoğurt, krema gibi. Et ürünleri: Salam, sosis gibi. İşlenmiş gıdalar: Ekmek, turşu, reçel gibi. Ayrıca, natamisin bazı kozmetik ve ilaç ürünlerinde de antifungal ajan olarak yer alabilir.